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Alpha多樣性分析

【添加時間：2016-09-12 09:22:05】【來源：】【作者：dggadmin】

Alpha多樣性分析主要包括Shannon多樣性指數、Chao1豐富度指數、Simpson指數等多樣性指數的計算，以及下列圖表的繪制。

稀釋曲線是指從樣本中隨機抽取一定數量的個體，統計出個體所代表物種數目，以個體數與物種數來構建的曲線。曲線趨于平坦說明測序深度合理，更多的測序量對發(fā)現新OTU的邊際貢獻很??；反之則表明繼續(xù)測序還可能產生較多新的OTU。

圖1 稀釋曲線

橫軸：從某個樣品中隨機抽取的序列數目(測序深度)。
縱軸：基于該測序條數能構建的OTU數量。

Shannon-Wiener 曲線反映樣品中微生物多樣性的指數，利用各樣品的測序量在不同測序深度時的微生物多樣性指數構建曲線，以此反映各樣本在不同測序數量時的微生物多樣性。當曲線趨向平坦時，說明測序數據量足夠大，可以反映樣品中絕大多數的微生物物種信息。

圖2 Shannon-Wiener 指數曲線

橫軸：從某個樣品中隨機抽取的測序條數。
縱軸：Shannon-Wiener 指數，用來估算群落多樣性的高低。

Rank-Abundance 曲線用于同時解釋樣品多樣性的兩個方面，即樣品所含物種的豐富程度和均勻程度。物種的豐富程度由曲線在橫軸上的長度來反映，曲線越寬，表示物種的組成越豐富；物種組成的均勻程度由曲線的形狀來反映，曲線越平坦，表示物種組成的均勻程度越高。

圖3 Rank-Abundance 曲線

橫軸：OTU 相對豐度含量等級降序排列。
縱軸：樣品(組)中的OTU數目。