環(huán)境微生物測序分析
微生物群落多樣性--擴增子測序
【添加時間：2016-07-20 14:13:08】【來源：】【作者：weiliang】
環(huán)境樣品的單基因擴增子測序，主要是利用HiSeq/MiSeq平臺對原核16S rRNA、真菌18S rRNA、真菌ITS、功能基因擴增子測序。客戶只需要提供高質量的DNA樣品，由專業(yè)人員進行PCR擴增及上機測序，獲得環(huán)境樣品中單個基因的組成和多樣性信息。
16S rRNA是目前最常用的生物標志物，廣泛應用于微生物的系統(tǒng)進化、分類及多樣性研究中。16S rRNA占細菌總RNA量的80%以上，基因序列長短適中，其結構中既有保守區(qū)域，又有變異區(qū)域，是較好的生物標志物。人們根據16S rRNA基因不同區(qū)域序列的可變性將其分為9 個可變區(qū)和9 個保守區(qū)（圖1）
擴增子測序實驗流程如下：
16S rRNA是目前最常用的生物標志物，廣泛應用于微生物的系統(tǒng)進化、分類及多樣性研究中。16S rRNA占細菌總RNA量的80%以上，基因序列長短適中，其結構中既有保守區(qū)域，又有變異區(qū)域，是較好的生物標志物。人們根據16S rRNA基因不同區(qū)域序列的可變性將其分為9 個可變區(qū)和9 個保守區(qū)（圖1）
圖1 16S rRNA 基因保守區(qū)和可變區(qū)的分布
擴增子測序實驗流程如下：
1. 基因組DNA提取
不同樣品性質不一樣，提取DNA的方法會有差異。對于土壤DNA提取，推薦使用PowerSoil® DNA Isolation Kit，該試劑盒也可以提取糞便、腸道內容物等樣品。
2. PCR
根據保守區(qū)設計帶barcode的引物，以DNA為模版進行PCR擴增。
3. PCR產物純化和定量
PCR產物進行膠回收純化，然后定量產物濃度。按照每個樣品的測序量要求，進行相應比例的混合。
4. 文庫構建及上機測序
根據產品說明書構建文庫，并上機測序。
